L’abside destra è detta dei Santi Confessori di cui vi è una rappresentazione al di sopra dell’altare di marmo attribuita a Luigi Roderico. Sulle pareti in alto due affreschi illustrano l’Assedio di Salerno da parte di Barbarossa e la Tempesta scatenata da San Matteo, avvenuta grazie ad un miracolo del santo che fece affondare gran parte della flotta nemica e salvare la città. Nella volta gli affreschi raffigurano S. Grammazio, il Miracolo della liberazione di un indemoniato, la guarigione di un malato e le allegorie: La Sapienza, La Fortezza e La Giustizia.

Nell’abside centrale sono custodite le spoglie dei santi martiri Caio, Ante e Fortunato e di San Felice. L'altare in marmo policromo fu donato dalla Scuola Medica Salernitana nel 1753. I busti di bronzo dei santi martiri sono stati realizzati da Giovan Domenico Vinaccia, e datati 1680. La volta è ricoperta di stucchi ed affreschi di Belisario Corinzio che raffigurano scene della vita dei Santi Martiri.

L’abside sinistra è dedicata alle Sante Vergini. Qui erano infatti conservate le reliquie di Marina e Costanza. L’altare in marmi policromi risale al sec. XVIII, con una cornice marmorea che inquadra la tela dipinta da Pacecco De Rosa raffigurante la Madonna delle Grazie e le SS. Trofimena Costanza e Agata. Nella lunetta laterale si trova un affresco esagonale che rappresenta S.Agata guarita in carcere da S.Pietro.

La cappella delle reliquie fu fatta realizzare nel 1957 dall’Arcivescovo Moscato. In essa sono state trasferite, in appositi ovali le reliquie dei Santi ritrovate nella Cripta.